Selain mempunyai kelebihan-kelebihan, pada setiap model pembelajaran akan ditemukan keterbatasan-keterbatasan. Begitu pula dengan Model Pengakaran Direct Instruction. Keterbatasan-keterbatasan Model Pengajaran Direct Instruction adalah sebagai berikut:
- Karena guru memaikan peranan pusat dalam model ini, maka kesuksesan pembelajaran ini bergantung pada image guru. Jika guru tidak tampak siap, berpengetahuan, percaya diri, antusias dan terstruktur, siswa dapat menjadi bosan, teralihkan perhatiannya, dan pembelajaran akan terhambat.
- Model Pengajaran Direct Instruction sangat bergantung pada gaya komunikasi guru. Komunikator yang kurang baik cenderung menjadikan pembelajaran yang kurang baik pula.
- Jika materi yang disampaikan bersifat kompleks, rinci atau abstrak, Model Pengajaran Direct Instruction mungkin tidak dapat memberikan siswa kesempatan yang cukup untuk memproses dan memahami informasi yang disampaikan.
- Jika terlalu sering digunakan Model Pengajaran Direct Instruction akan membuat siswa percaya bahwa guru akan memberitahu siswa sesmua yang perlu diketahui. Hal ini akan menghilangkan rasa tanggung jawab mengenai pemebelajan siswa itu sendiri.
- Demonstrasi sangat bergantung pada keterampilan pengamatan siswa. Sayangnya, banyak siswa bukanlah merupakan pengamat yang baik sehingga dapat melewatkan hal-hal yang dimaksudkan oleh guru.